Основой фамилии Анисенкова послужило церковное имя Онисим. Мужское крестильное имя Онисим в переводе с греческого означает «полезный». В основу фамилии Анисенкова легла производная форма этого имени — Анис. Чередование гласных о/а в основе фамилии возникло под влиянием «акающих» говоров. Возможно, что именование Анис образовано от мужского имени Анисий, что в переводе с греческого на русский означает «исполнение, завершение». Не исключено, что именование анис имеет тюркское происхождение и в переводе арабского означает «близкий друг, товарищ». Вероятно, основатель рода Анисенковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Анис, со временем получил фамилию Анисенкова.