Фамилия Анисеев на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении обнаруживает неочевидный нюанс. Звучит она как типичная русская фамилия на -ев, образованная от имени Анисей. Однако в православных святцах такого имени нет. Зато есть крестильное мужское имя Анисий, которое восходит к греческому «анисис» — исполнение, завершение. В народной речи это имя произносили по-разному: Анисей, Онисей, Анис. Именно от разговорного варианта Анисей и пошла фамилия Анисеев. Иными словами, предок нынешних носителей фамилии, скорее всего, звался Анисеем — так, как его называли в быту, а не в церковной книге.

Суффикс -ев в данном случае работает по стандартной модели принадлежности: Анисеев буквально означает «сын Анисея» или «из семьи Анисея». В XVI–XVII веках именно эта модель стала основной для формирования фамилий у крестьян и посадских людей. В отличие от дворянских родов, которые закрепляли фамилии раньше и жёстче, крестьянские фамилии вроде Анисеевых могли долго оставаться неформальными прозвищами, пока не попадали в ревизские сказки или переписи.

У фамилии есть заметный «двойник» — Анисимов. Основа там та же, но суффикс другой, и имя-источник строго Анисим (каноническая форма). Анисеев — более редкий вариант, возникший в говорах, где звук «с» перед «е» смягчался, а окончание имени менялось под влиянием местного произношения. Встретить Анисеевых можно преимущественно в центральных и северных областях России: в зоне окающих говоров старые формы имён держались дольше, и церковная книжная норма не так быстро вытесняла народные варианты.

Других версий происхождения, заслуживающих внимания, нет. Связывать фамилию с анисом (растением) лингвистически неверно: ударение в имени Анисий падает на второй слог, а в названии пряности — на первый, и пути этих слов в русском языке разные. Так что Анисеев — это фамилия-память о предке, которого в быту звали Анисеем, а в церковной книге записали бы Анисием.