Фамилия Анисей — редкий случай, когда перед нами, скорее всего, не искажённое «Анисимов» или «Онисимов», а отдельная фамилия, образованная напрямую от полной формы имени. Разница с массовой фамилией Анисимов принципиальна: та образована от краткой формы Онисим — Анисим (через суффикс -им и притяжательное -ов). Анисей же держится за полную, почти церковную форму, но с заменой начальной гласной.

В основе лежит каноническое имя Онисим (от греческого «онисимос» — полезный). В русской народной традиции начальное «О» часто менялось на «А» (ср. Орина — Арина, Остап — Астап), так и получилось «Анисей». Фамилию произвели от этого имени с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ев. Выбрали именно -ев, а не -ов, чтобы избежать неблагозвучного стечения согласных: Анисев звучало бы хуже. Таким образом, Анисей буквально означает «сын Анисея», то есть сын человека по имени Анисей — народной формы Онисима.

То, что предок носителя фамилии употреблял имя в полном виде, а не в кратком, указывает на определённую среду. В документах XVII–XVIII веков такая форма встречается у священников и дьячков — людей, которые записывали имена «по-писаному», а не на слух. Вероятно, предок принадлежал к духовенству или грамотным крестьянам.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где имя Онисим было особенно популярно. Встречаются единичные записи в Архангельской, Вологодской и Вятской губерниях. В современных телефонных справочниках Анисей — редкость, что подтверждает её локальный и нетиражированный характер. Это не «переделка» более распространённой фамилии, а самостоятельная, хотя и малочисленная, ветвь ономастического древа.