Фамилия Анисеня — редкий случай, когда белорусское происхождение видно невооружённым глазом. В русском языке фамилии на -еня (Анисеня, Якубеня, Михалёня) почти не встречаются, зато в Беларуси это одна из характерных моделей. Суффикс -еня указывает на «малого» или «потомка»: он уменьшительно-патронимический, то есть Анисеня — буквально «маленький Анисим» или «сын Анисима».

В основе лежит крестильное имя Анисим (от греческого Онисимос — «полезный», «исполняющий»). Это имя было распространено у православных, но в белорусском произношении оно часто теряло начальное «о» и меняло ударение, превращаясь в Анисим. Фамилия образована напрямую от разговорной формы Анисеня — так в деревне могли называть младшего члена семьи, парня или сына Анисима. Официально фамилия закрепилась в XIX веке, когда в западных губерниях Российской империи крестьянам массово присваивали фамилии по отцу.

Географически фамилия тяготеет к Могилёвской и Витебской областям, но встречается и в Смоленской области России — это зона давнего белорусского влияния. В польских метриках XVIII века можно найти запись Anisenia — фамилия писалась через латиницу, но корень тот же.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Анисимов), белорусская модель на -еня не указывает на сословную принадлежность. Носитель мог быть и крестьянином, и шляхтичем — в мелкопоместной шляхте такие патронимы тоже бытовали. Так что предки Анисеня с равной вероятностью могли пахать землю или владеть хутором, но в любом случае род их пошёл от человека по имени Анисим.