Фамилию Анипер вряд ли можно назвать простой и очевидной: её происхождение — это маленькая лингвистическая загадка, которую стоит разобрать по косточкам. В отличие от распространённых фамилий на -ов или -ин, Анипер явно имеет иноязычные корни. Скорее всего, она образована от личного имени или прозвища, которое со временем трансформировалось и закрепилось за родом.

Самая правдоподобная версия связывает Анипер с забытым сегодня каноническим именем Онисифор. Это имя греческого происхождения, в переводе означающее «полезный» или «приносящий пользу». В святцах оно известно по апостолу Онисифору, ученику Павла, что указывает на возможную христианскую основу. От имени Онисифор в русском быту образовывались народные, упрощённые формы — например, Онипер или Анипер. Со временем такая форма и стала фамилией, закрепившись за потомками человека, которого в обиходе звали Анипером.

Вероятно, основатель рода Анипер был выходцем из простого сословия — крестьян или мещан. В среде духовенства и дворянства такие фамилии встречались реже, а вот среди крестьян, где имя могло передаваться в устной, «опрощенной» форме, она вполне могла возникнуть. Имя Онисифор, хоть и было церковным, в народе часто сокращали до более удобных для повседневной речи вариантов.

Интересно, что фамилия Анипер не похожа на типичные еврейские фамилии-аббревиатуры (вроде Кац или Шац) или на фамилии с ашкеназскими формантами вроде -зон или -ман. Её структура проще: она прямо восходит к имени, без дополнительных суффиксов принадлежности. Это сближает её с древнейшим пластом русских фамилий, образованных от полных или уменьшительных форм крестильных имён.

География фамилии Анипер сегодня довольно размыта, но можно предположить, что её носители встречаются в регионах, где исторически жили выходцы из центральной России или Украины. В любом случае, фамилия эта редкая и несёт в себе отголосок старинного имени, которое почти вышло из употребления, но сохранилось в родовой памяти.