Фамилия Анипенко — один из ярких примеров того, как украинская модель фамилеобразования «переплавила» православное крестильное имя. В основе лежит имя Онисим (в народной форме Анисим), что в переводе с греческого означает «полезный». Но здесь сработала не прямая, а уменьшительная форма — Анипа. Это не стандартное Онисим или Анисим, а более короткий, обиходный вариант, который в быту звучал проще и ласковее.

Суффикс -енко — классический для украинской фамильной системы, означающий «сын» или «потомок». Без труда восстанавливается цепочка: Анипа → Анипенко, то есть «сын Анипы». Такая модель была особенно продуктивна на Левобережной Украине, в Полтавской, Черниговской и Киевской губерниях, где фамилии на -енко составляют до 60% всех родовых имен. Встречается Анипенко и в Беларуси, но реже.

Интересно, что первоначальное имя Онисим в народе давало множество производных: Анисимов, Аниськин, Анищенко, Анисименко. Анипенко стоит в этом ряду особняком — оно образовано не от полной или стандартной уменьшительной формы, а от той, что возникла в результате усечения. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был человеком незнатным, скорее всего крестьянином или казаком, и в обиходе его называли просто Анипа, не заботясь о формальном именовании.

В написании фамилии возможна вариативность: встречается ударение как на второй слог (Ани́пенко), так и на третий (Анипе́нко), что зависит от региональной традиции произношения. В официальных документах XIX века могли писать и через «а» — Анапенко, под влиянием акающих говоров. Но современная литературная норма закрепила форму с «и» в корне.

Социальный контекст фамилии прост: Анипенко — это потомок человека, которого в своей среде знали под домашним именем Анипа. Никакого прозвища или ремесла за этим не стоит, только имя, прошедшее через украинскую «дробилку» уменьшительных суффиксов.