Фамилия Анифер на первый взгляд кажется вариантом более известной Анисимов, но её история неочевидна. Перед нами не церковное имя, а прозвище или сильно искажённое личное имя, которое застыло без типичных суффиксов -ов, -ин, -ский. Такая модель — прямое указание на позднее оформление, скорее всего в XIX веке, когда фамилию давали по уличному прозвищу, а не по отчеству.

Самый вероятный источник — форма имени Онисим, в крестьянской среде звучавшая как Анисим. В некоторых говорах конечное «-сим» редуцировалось до «-фер»: Анисим превращался в Анифера. Такое стяжение характерно для северных и сибирских диалектов, где речь была быстрее и «проглатывала» слоги. Носители фамилии — почти исключительно крестьяне и мещане, дворянских родов с ней не зафиксировано. Географически она тяготеет к Вятке, Пермской губернии и Сибири — регионам, где диалектные формы имён были особенно живучи.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с греческим именем Анифер (Ανυφερ), которое изредка встречалось в святцах. Однако в русской традиции это имя не прижилось, и фамилия от него — редкость. Если бы она возникла от канонического имени, мы бы скорее увидели вариант Аниферов или Аниферьев.

В итоге Анифер — это «застывшее» прозвище человека по имени Анисим, в местном произношении потерявшее второй слог. Фамилия хранит след живой народной речи, а не книжного, церковного произношения, и в этом её главная ценность для историка.