Фамилия Анифеев — редкий случай, когда написание вводит в заблуждение. На слух она почти неотличима от более распространённой фамилии Анисимов, но разница в одной букве меняет всю историю происхождения.

В основе фамилии лежит не каноническое церковное имя, а его просторечная, народная форма. Полное имя Иоанни́кий (от греческого «победа») в бытовой речи русских крестьян и горожан подверглось сильному сокращению: Иоанникий превращался в Аникей, Аника, а затем и в Анифей. Такая трансформация — результат экономии языка: длинное и труднопроизносимое имя «обрубали» до удобного трёхсложного варианта. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Анифеев — буквально «сын Анифея», то есть потомок человека, которого в обиходе звали Анифеем.

Интересно, что фамилия Анифеев могла закрепиться в письменных источниках позже, чем её «старший брат» Анисимов. В документах XVII–XVIII веков фамилии часто записывали на слух, и чиновник мог передать звучание «Анифеев» именно так, хотя носитель мог считать себя Анисимовым. Поэтому в некоторых регионах, особенно на Русском Севере и в Поволжье, эти фамилии могли сосуществовать как варианты одного родового имени.

Происхождение предка-носителя фамилии, скорее всего, крестьянское или посадское. Имя Иоанникий было распространено среди простого люда, а не только в духовенстве, хотя встречалось и у монахов. Ремесло или сословие по фамилии не определить — она ничего не говорит о профессии, только об имени отца или деда. Единственное, что можно сказать с уверенностью: родоначальник Анифеевых жил в среде, где церковные имена упрощали до неузнаваемости, и это упрощение закрепилось в официальной фамилии на века.