Фамилия Антифеева отходит от привычного церковного канона. Её основа — не строгая форма крестильного имени Антипий (от греческого «антипао» — «отчим»), а его обиходный, разговорный вариант Антифий или Антифей. Такое «опрощение» имени — верный признак того, что фамилия сложилась в народной среде, а не в книжной или церковной.

В центральных губерниях России имя Антипий вышло из обихода довольно рано, но на Русском Севере, в Поморье и Вятке, оно продержалось значительно дольше. Поэтому географически фамилия Антифеева (и её мужской вариант Антифеев) чаще всего указывает на северное происхождение рода: Архангельская, Вологодская, Пермская губернии.

Сам корень «Антип-» восходит к греческому Антипатр — имени одного из полководцев Александра Македонского (в переводе — «вместо отца»). Однако в русскую традицию имя вошло через христианство: в память о священномученике Антипе, епископе Пергамском. По преданию, в конце I века, при императоре Домициане, его за отказ отречься от веры бросили в раскалённого медного быка. На Руси святого Антипу почитали как целителя зубной боли — отсюда и народное присловье «Антипа — зубной целитель».

Суффикс «-еев» в фамилии Антифеева — один из самых распространённых в русской ономастике. Он означает принадлежность: «чей?» — «Антифеев», то есть сын, потомок Антифея. Если бы фамилия образовалась от полной церковной формы, мы бы, скорее всего, имели вариант Антипин или Антипов. Форма Антифеев — это прямой след просторечного, живого произношения, которое закрепилось в документах.