Фамилия Аниферов — яркий пример того, как народное произношение перекроило церковное имя до неузнаваемости. В основе лежит крестильное имя Онисифор, которое пришло из греческого («онисифорос» — «приносящий пользу»). В русских говорах оно потеряло начальный слог и превратилось сначала в Анисифор, а затем в просторечное Анифер. От этой усечённой формы с патронимическим суффиксом -ов и образовалась фамилия: Аниферов буквально значит «сын Анифера».

Параллельно существовала ветвь Анисифоров — от полной формы имени. Но Аниферов закрепилась там, где «аканье» и редукция гласных были особенно сильны: в центральных и южнорусских областях, в Поволжье. В документах XVII–XVIII веков встречается вариативное написание — Аниферов, Анифоров, Ониферов. Эта неустойчивость отражает живую речь: имя звучало по-разному даже в соседних сёлах.

Социально фамилия не была элитарной. Аниферами чаще называли крестьян и посадских людей, реже — духовенство. В святцах Онисифор не входил в число самых популярных имён, поэтому и носителей фамилии относительно немного. Её уникальность — в сохранении народной переделки греческого имени, которая почти вытеснила книжный оригинал в повседневном общении. Сравните с однокоренными Анисимовым или Онисимовым: там усечение пошло иначе, а здесь народная логика «съела» целый слог, оставив короткое и цепкое Анифер.