Фамилия Аниферов — один из тех случаев, когда исходное имя изменилось до неузнаваемости из-за народного произношения. В её основе лежит крестильное имя Онисифор (от греческого «онисифорос» — «приносящий пользу»). В русских говорах оно быстро потеряло начальный слог и превратилось в Анисифор, а затем в просторечное Анифер. От этой усечённой формы и образовалась фамилия с типичным патронимическим суффиксом -ов: Аниферов буквально означает «сын Анифера».

Интересно, что параллельно существовала и другая ветвь — Анисифоров, образованная от полной формы имени. Но Аниферов закрепилась именно в тех регионах, где «аканье» и редукция гласных были особенно сильны: центральные и южнорусские области, Поволжье. В документах XVII–XVIII веков можно встретить вариативное написание — Аниферов, Анифоров, Ониферов, что отражает неустойчивость звучания имени в живой речи.

Социально фамилия не была элитарной. Аниферами чаще называли крестьян и посадских людей, реже — духовенство. В святцах имени Онисифор нет в числе самых популярных, поэтому и носителей фамилии относительно немного. Её уникальность — в сохранении народной переделки греческого имени, которая почти вытеснила книжный оригинал в повседневном общении.