Фамилия Алифер — один из тех редких случаев, когда на слух она звучит как иностранная, а по происхождению оказывается чисто русской, перекроенной народным произношением. Основа здесь — крестильное имя Елевферий (от греческого «свободный»). В просторечии это длинное имя сокращали и переделывали: так появились формы Левфер, Лихвер, Алихвер и, наконец, Алифер. Фамилию, скорее всего, образовали от последнего варианта с помощью суффикса -ов, который со временем потерялся, и она застыла в виде чистой основы. Поэтому Алифер — это фактически «сын Алифера», то есть потомок человека, которого в быту звали Алифером вместо Елевферия.

Модель образования здесь нестандартная. В русских фамилиях на -ов/-ев окончание указывает на принадлежность, но Алифер не имеет этого суффикса. Это так называемая «усечённая» или «бессуффиксная» фамилия, которая встречается реже и часто указывает на позднюю фиксацию или на то, что прозвище сразу стало родовым именем без добавления типичного окончания. Такие формы характерны для южнорусских и украинских регионов, где фамилии нередко оканчивались на согласный.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с тюркским словом «алиф» (первая буква арабского алфавита) или с арабским именем Алиф. Но против этого говорит отсутствие характерных тюркских суффиксов и распространённость имени Елевферий в святцах. Кроме того, фамилии от церковных имён, искажённых в народе, — массовое явление (вспомните Евдоким — Овдоким, Ирина — Арина). Алифер вписывается именно в этот ряд.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. Основные очаги — бывшие южные губернии России и Украина, где греческие имена переделывали особенно смело. В дореволюционных переписях Алиферов (с окончанием -ов) больше, чем Алифер, что подтверждает: исходная форма была с суффиксом, а современное написание — результат упрощения.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или мещан. Дворянские роды редко оставляли фамилии в такой «обрубленной» форме — им было свойственно сохранять книжное звучание имени. А вот в среде, где имя передавалось на слух, Елевферий легко превращался в Алифера.