Основой фамилии Алифёрова послужило церковное имя Алифёр. Имя Алифёр является просторечной формой канонического мужского имени Елевферий, которое в переводе с греческого означает «свободный». Скорее всего, основатель рода Алифёровых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Алифёр, со временем получил фамилию Алифёров.