Фамилия Алифёрова происходит от мужского имени Алифёр — просторечной, народной формы канонического имени Елевферий. В переводе с греческого Ελευθέριος (Элевтериос) это имя означает «свободный». В русской традиции церковное имя Елевферий, сложное для повседневного произношения, в крестьянской и мещанской среде превратилось в более удобное Алифёр — через замену начального «Е» на «А» и упрощение групп согласных.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Алифёров — это «сын Алифёра». Ударение падает на второй слог, что характерно для фамилий, образованных от имён с таким же ударением (ср. Алифёр → Алифёров). Женская форма Алифёрова, соответственно, означает «дочь или жена Алифёрова».

Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия. Имя Алифёр в документах XVII–XVIII веков встречается в основном среди крестьян и посадских людей центральных и северных губерний России. Церковная форма Елевферий в те времена была редкостью даже среди духовенства, а в народе имя бытовало именно в варианте Алифёр, что и закрепилось в фамилии.

Однокоренные фамилии — Алиферов, Алиферьев, Елевферов, Елиферов. Форма Алифёрова с буквой «ё» — более точная с точки зрения произношения, хотя в документах нередко писали «Алиферова» (без точек над «е»), что не меняет этимологии. В некоторых говорах имя произносили как Олифёр, отсюда фамилии Олиферов, Олифёров.