Фамилия Алиферцев — наглядный пример того, как далёкое от книжного канона народное произношение церковного имени закрепилось в родовом прозвании. В её основе лежит просторечный украинский вариант имени Елевферий (от греческого «элевтерос» — свободный). В бытовой речи громоздкое «Елевферий» сократилось до Алифера, а затем и до Алифера.

Главная особенность фамилии — её словообразовательная модель. Это отчество второго порядка: Алиферцев буквально означает «сын Алиферца, внук Алифера». Суффикс -ец (в форме Алиферец) и последующее притяжательное -ев указывают на украинскую или южнорусскую среду, где такие трёхступенчатые отчества были распространены. Сначала человека звали просто Алифер, его сын стал Алиферцем (то есть «маленьким Алифером» или «сыном Алифера»), а уже внук получил окончание фамилии -цев.

Сравните с однокоренными фамилиями: Алиферов (прямое отчество от Алифера, без промежуточного суффикса) или Алифёров (с «ё» под ударением). Форма Алиферцев встречается реже и выдаёт более сложную генеалогию: предок носителя фамилии, скорее всего, был не просто Алифером, а именно Алиферцем — возможно, так в быту отличали младшего в роду или человека невысокого роста.

Имя Елевферий в святцах встречается нечасто, поэтому и фамилия Алиферцев — не массовая, а редкая, локальная. Её носители, вероятно, происходят из регионов, где украинское влияние на формы имён было особенно сильным: южные области России, Слобожанщина или исторические земли Черниговщины.