Фамилия Алиференко образована по распространённой в украинской ономастике модели: суффикс -енко означает «сын», «потомок», «маленький». В основе лежит имя Алифер — просторечный украинский вариант канонического мужского имени Елевферий. Имя Елевферий пришло из греческого языка, где eleutheros означает «свободный». Таким образом, Алиференко буквально понималось как «сын Алифера», то есть потомок человека по имени Алифер.

Интересно, что фамилия сохранила народное произношение, которое ушло от книжной церковной формы. На Руси и в Малороссии имя Елевферий в быту часто сокращали и переделывали: встречались варианты Олифер, Алифер, Левфер, Лёвка. Фамилия Алиференко закрепилась именно в украинской среде, где суффикс -енко был главным маркером родства. В русских говорах та же основа дала бы фамилию Алиферов — с суффиксом принадлежности -ов.

Если искать параллели, то Алиференко стоит в одном ряду с фамилиями Олиференко, Елеференко, Левферов — все они восходят к одному имени, но через разные диалектные формы. Выбор варианта «Алифер» может указывать на южнорусские или центральноукраинские говоры, где начальное «е» переходило в «а» под влиянием аканья.

Учитывая, что имя Елевферий никогда не было массовым, фамилия Алиференко встречается нечасто. Её носители — потомки либо одного из немногих крещёных с таким именем, либо человека, которого прозвали «Алифером» в быту. Социальный состав: скорее всего, крестьянские или казацкие роды, поскольку в дворянской среде предпочитали более книжные варианты имени.