Фамилия Алиферко — редкий случай, когда за основу взято не просто каноническое имя, а его народная, разговорная форма. В её основе лежит имя Елевферий (от греческого «свободный»), которое в русском быту звучало как Алифер, Олифер или Лёвка. Корень тот же, что и у фамилий Олиферов, Алиферов, Алферов, но суффикс -ко меняет картину.

Суффикс -ко в украинской, белорусской и южнорусской традиции — один из самых распространённых патронимических показателей. Он указывал на младшего в семье или был просто уменьшительно-ласкательным: Алиферко — буквально «маленький Алифер» или «сын Алифера». Такая модель типична для бывших казацких территорий, Поднепровья и Слобожанщины, где фамилии на -ко встречаются особенно густо.

В отличие от великорусских фамилий на -ов (Алиферов), форма на -ко закрепилась без изменения по падежам и не требовала притяжательного суффикса. Это говорит о том, что носитель фамилии, скорее всего, происходил из среды, где фамилии складывались по украинской или белорусской модели, а не по московской приказной. Предок мог быть крестьянином, казаком или мещанином — сословная принадлежность по такой фамилии не определяется, но региональная привязка к юго-западу России или Украине очень вероятна.

Есть и альтернативная, менее надёжная версия: связь с греческим словом «алейфес» (ἀλειφεύς — «кожевник, смазывающий маслом»). Она соблазнительна, но лингвистически слаба — в славянской антропонимии почти нет прямых заимствований из греческой лексики через разговорную речь, минуя церковные имена. Куда правдоподобнее, что Алиферко — это просто «сын Елевферия», где имя прошло через народное переосмысление, как и тысячи других русских фамилий от календарных имён.

В документах фамилия встречается спорадически, без густого скопления в одном регионе, что характерно для относительно позднего закрепления (XVII–XVIII века). Носители Алиферко — это потомки людей, которых в переписи записали по отцу, и отчество со временем перешло в фамилию, не изменив формы.