Фамилия Алиферцев образована от имени собственного и относится к распространённому типу русских фамилий. В её основе лежит просторечная, украинская по происхождению форма Алифер канонического мужского имени Елевферий. С греческого языка это имя переводится как «свободный». Таким образом, Алиферцев — это отчество второго порядка: сын Алиферца, внук Алифера. Суффикс -ец в основе указывает на украинские корни этой модели именования.

В словообразовательной цепочке фамилии заметна особенность: фамилия построена не напрямую от имени Алифер, а от его производной формы Алиферец с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ев. Такое сочетание украинской основы и русского суффикса встречается нечасто и говорит о том, что носители фамилии могли жить на пограничье двух культурных традиций — великорусской и малорусской. Фамилия фиксируется в документах преимущественно в южнорусских и центральных губерниях, что косвенно подтверждает эту гипотезу.

О точном месте и времени возникновения фамилии Алиферцев сейчас говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным, а сама она оставалась локальной. Тем не менее, её структура ясно показывает, как переплетались языковые и культурные влияния на территории бывшего Русского государства.