Фамилия Алиферовы (и её вариант Алифёровы) образована от личного имени предка. В основе лежит крестильное имя Елеферий (от греческого «элеутерос» — свободный). В русском просторечии это имя приобрело форму Алифер или Алифёр: так звучало привычнее, через «а» под влиянием акающих говоров. Потомка человека с таким именем называли Алиферов — буквально «сын Алифера». Суффикс -ов указывает на принадлежность, и это стандартная модель для русских фамилий.

Есть и вторая версия, не связанная с церковным именем. Она выводит фамилию из прозвища Алифер, которое могло возникнуть от слова «олифа» — льняное или конопляное масло, которое использовали для приготовления красок. Чередование о/а здесь то же самое, акающее. В таком случае Алифером называли не по имени, а по ремеслу: человека, который варил олифу или торговал ею. Прозвище закреплялось за потомками и тоже оформлялось суффиксом -ов.

Фамилия встречается в разных регионах, что говорит о независимом возникновении в нескольких местах. В Книге памяти Томской области записан Григорий Васильевич Алиферов (1905, деревня Ущерб Зырянского района). В Книге памяти Курской области — Егор Иванович Алиферов (1900, село Жуковщина Вилейской области). В Книге памяти Республики Киргизия — Иван Иванович Алиферов (1870) из Ставропольской губернии. В Книге памяти Омской области — украинец Федор Прохорович Алиферов (1899, село Новороссийка Кормиловского района). Разброс географический широкий, и это подтверждает: фамилия не привязана к одной местности, а возникала там, где жил человек с именем или прозвищем Алифер.