Фамилия Анипкины — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неожиданный спор о происхождении. В основе лежит имя Анипка, но вот от какого полного имени оно образовано — тут мнения расходятся.

Самая распространённая и убедительная версия связывает Анипку с церковным именем Антипа. В русской народной среде это греческое имя (в переводе — «противник всего») часто упрощали: Антип превращался в Антипку, а затем, под влиянием «акающих» говоров, где «о» звучит как «а», появился вариант Анипка. Так Анипкин — это потомок Антипа, того самого, что в крестьянском быту звался просто и по-свойски.

Менее известна, но тоже существует версия, уводящая корни на Восток. Согласно ей, фамилия может восходить к арабскому женскому имени Анипа, которое связано со словом «ханифа» — «истинная, настоящая». Эта гипотеза слабее: в русской ономастике фамилии от женских имён, тем более восточных, — редкость, и для этого нужны веские документальные подтверждения, которых обычно нет.

Фамилия Анипкины — типичный пример «патронимической» модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Анипкин, то есть сын Анипки). Такие фамилии массово закреплялись в XVI–XVII веках, когда крестьянам и посадским людям давали фамилии по имени отца или деда. Можно с большой уверенностью сказать, что первый Анипкин был сыном человека по имени Анипка, а тот, в свою очередь, — скорее всего, Антипа.