Основой фамилии Анипкин послужило церковное имя Антипа. Фамилия Анипкин образована от имени Анипка, которое является просторечной формой мужского имени Антипа. В переводе с греческого оно означает «противник всего». По другой версии, фамилия Анипкин восходит к арабскому женскому имени Анипа. Оно ведет свое начало от слова «ханифа», что означает «истинная, настоящая». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Анипка, со временем получил фамилию Анипкин.