Фамилия Анишкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Анишкин послужило церковное имя Иоанникий или Аникита. Анишка — вариант крестильного имени Иоанникий, которое предположительно является родственным древнееврейскому имени Иоанн (переводится как «милость божья»). По другой версии, имя Анишка связано с греческим именем Аникита («непобедимый»). В истории православия известно шесть святых покровителей имени Иоанникий и два — имени Аникита. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Анишка, со временем получил фамилию Анишкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Анишкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Анишкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.