Фамилия Анишкины — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. В основе фамилии лежит имя Анишка, но вот от какого полного церковного имени оно образовано — тут есть две основные версии.

Первая и самая распространённая ведёт к имени Иоанникий. Это имя, в свою очередь, родственно древнееврейскому Иоанн, то есть «милость Божья». В православных святцах почитается шесть святых с этим именем, так что имя было хорошо известно. Вторая версия связывает Анишку с греческим именем Аникита, что значит «непобедимый», — у этого имени два небесных покровителя. Какая из версий верна для конкретной семьи, сказать уже невозможно, но обе показывают, что фамилия не выдумана, а происходит из народной традиции переделывать длинные церковные имена в короткие и привычные.

Сама модель фамилии — суффикс -ин — указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Анишкин». То есть предок носителя фамилии был сыном человека по имени Анишка. Такая патронимическая модель — одна из древнейших в русской ономастике, и она закрепилась за фамилией окончательно, когда в XIX веке крестьянам массово давали фамилии по имени отца или деда.

Интересно, что фамилия Анишкин, хоть и нередкая, сохранила архаичную форму имени. В говорах имя Анишка могло звучать и как Онишка, поэтому однокоренными будут фамилии Онишкин, Анишин, Аничкин. Встречается фамилия и в форме Анишкины — во множественном числе, что типично для северных и сибирских регионов, где фамилией называли весь род или семейство.