Фамилия Анишкина — женская форма, а её мужской вариант, Анишкин, образован по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от личного имени через притяжательный суффикс -ин. В основе лежит имя Анишка — народная, разговорная форма канонического крестильного имени Аникий (от греческого «никэ» — победа) или, реже, Иоанникий (Богом данный). Анишка, как и многие уменьшительные имена (Ванька, Петька, Митька), со временем закрепилось в качестве самостоятельного имени, особенно в крестьянской и мещанской среде.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Анишкин буквально означало «сын Анишки» или «человек из семьи Анишки». Такая модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по имени отца в полной форме, Анишкин подчёркивает именно обиходное, домашнее прозвище предка.

Интересная деталь: фамилия Анишкин (и её женский вариант) бытует преимущественно в центральных и северных областях России — в Ярославской, Костромской, Вологодской, а также в Поволжье. Это регионы, где долго сохранялись архаичные формы имён, и где имя Анишка не воспринималось как грубое, а было обычным деревенским именем. В южных и западных губерниях эта фамилия встречается реже.

Поскольку имя Аникий (и его формы) было распространено среди крестьян и посадских людей, предки Анишкиных, скорее всего, относились к податным сословиям. В документах XVII–XVIII веков нередко встречаются записи о крестьянах Анишках, что подтверждает бытовой, недворянский характер фамилии. Дворянские роды с такой фамилией не известны — в этом смысле Анишкина фамилия «народная», без аристократического налёта.

Изредка фамилию путают с Аниськиной (от имени Анисья) или Онишкиной (от Онисим), но корень здесь другой: Анишкина восходит именно к мужскому имени Анишка, а не к женскому или к иной основе. Эта деталь помогает не ошибиться при генеалогическом поиске.