Фамилия Анненсков — одна из тех, что хранят память не столько о личном прозвище, сколько о месте или церкви. В её основе лежит притяжательное прилагательное «Анненский», которое могло относиться к нескольким реалиям: к селу Анненское, Анненка или Аннинский Лозовец. Такие названия разбросаны по России и Украине, и все они так или иначе восходят к женскому имени Анна — одному из самых распространённых в православных святцах, где оно встречается более тридцати раз. Поселения могли получить это имя либо в честь храма, освящённого во имя святой Анны, либо по имени владелицы этих земель.

Однако у этой фамилии есть и вторая, не менее любопытная версия происхождения. Она связывает «Анненского» с искусственными, семинарскими фамилиями. В духовных училищах часто давали «благозвучные» фамилии тем, кто поступал без родового прозвания, или заменяли слишком мирские, а то и неприличные фамилии будущих священников. В этом случае Анненский мог быть присвоен семинаристу в честь одной из святых Анн или по названию Аннинской церкви, при которой он учился. Обе гипотезы правдоподобны, и выбрать одну сложно: слишком много пересечений — и топонимы, и храмы, и семинарии носили имя Анны.

Сам же фамильный суффикс -ов в форме Анненсков указывает на принадлежность: «чей?» — Анненского. Так на Руси образовывали фамилии для детей или потомков человека, носившего исходное прозвание. То есть основатель рода Анненсковых, скорее всего, был сыном того самого Анненского — будь то выходец из села Анненского или выпускник семинарии, получивший звучное церковное именование.