Фамилия Анненков, вопреки возможной догадке, образована не от женского имени Анна напрямую, а от одной из его производных, бытовых форм — Анка. В древнерусской традиции уменьшительные имена вроде Анка, Данка, Манька часто становились основой для фамилий, особенно если человек был известен в своей среде именно под этим прозвищем. Само имя Анна восходит к древнееврейскому Hannah и означает «милость», «грация», «миловидность».

По модели образования это типичная русская фамилия на -ов, указывающая на принадлежность: Анненков — буквально «сын Анка» или «потомок Анки». Двойное «нн» в фамилии — результат стяжения: основа Анка при присоединении суффикса -енков (вариант -ов после мягкого согласного) дала Анк-енков, где «к» перешло в «н» перед суффиксом, а вторая «н» закрепилась на письме. Встречается и менее частотный вариант написания с одним «н» — Аненков, но исторически нормой стало именно Анненков.

Среди носителей фамилии наиболее известен Павел Васильевич Анненков (1813–1887) — литературный критик, мемуарист и эстет. Он вошёл в историю как первый издатель сочинений Пушкина, подготовивший научное собрание его трудов, а также как автор ценных воспоминаний о Гоголе, Белинском и Герцене. Анненков последовательно выступал за европейское просвещение России, защиту прав личности и свободу творчества, что делало его фигурой заметной в интеллектуальных кругах XIX века.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к географическим названиям вроде Анненково — скорее наоборот, сёла с таким именем часто называли в честь помещиков Анненковых. Дворянский род Анненковых известен с XVII века и внёс вклад в военную и гражданскую службу России, но основная масса носителей фамилии — потомки крестьян и мещан, получивших фамилию по имени отца или деда.