Фамилия Аненковы — редкий случай метронимической фамилии, то есть образованной не от имени отца, а от имени матери. В её основе лежит крестильное женское имя Анна, которое в переводе с древнееврейского означает «грациозная», «миловидная». Строение фамилии выдает отчество второго порядка: Аненков — это буквально «сын Аненко», а Аненко, в свою очередь, уменьшительная форма от Анны, то есть «внук Анны». Такая модель встречается нечасто и обычно указывает на то, что женщина играла ключевую роль в семье или воспитывала сына одна.

Интересна и форма суффикса. В отличие от более распространённой фамилии Анненков (с двойным «н»), вариант Аненков (с одним «н») может отражать особенности произношения в северных или южных говорах, где двойные согласные упрощались. Такое написание фиксирует живую народную речь, а не книжную норму.

В социальном плане метронимические фамилии чаще встречались у крестьян и однодворцев, особенно в тех случаях, когда внебрачный ребёнок записывался по матери. Однако фамилия Аненковы могла возникнуть и в среде, где женщина была главой большого хозяйства после смерти мужа. В любом случае, эта фамилия — не просто отсылка к библейскому имени, а конкретный след семейного уклада, где имя матери стало родовым знаком для её потомков.