Фамилия Ананенковы — это классический пример русской фамилии, образованной от полной формы крестильного имени. В её основе лежит каноническое мужское имя Ананий (древнееврейское Ханания, «Господь явил милость» или «отмеченный милостью Божией»). От этого имени через цепочку народных форм и появилась наша фамилия.

Разберём словообразовательную модель. К имени Анан(ий) добавился сначала суффикс субъективной оценки -енк(о), характерный для украинской, белорусской и южнорусской традиции. В данном случае Ананенко — это «маленький Анан» или, что вероятнее, «сын Анана». Затем, при адаптации фамилии в великорусской среде, к основе на -енко прирастили стандартный патронимический суффикс -ов. Получилась форма Ананенков, которая буквально означает «внук (или потомок) того, кого звали Ананенко», а в конечном счёте — «потомок Анания».

Интересно, что фамилия сохранила двойной патронимический «слой», что нередко указывает на миграцию предков. Скорее всего, родоначальник Ананенковых жил на территории, где были распространены украинские или белорусские фамилии на -енко (современные Черниговская, Полтавская, Смоленская области), а затем его потомки переселились в центральные или южные регионы России, где фамилию «обрусили», добавив окончание -ов. Поэтому географически фамилия Ананенков чаще встречается в Курской, Белгородской и Воронежской областях — зонах активного взаимодействия русских и украинских говоров.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс перехода отчества в наследственную фамилию занял несколько столетий. Однако сама форма (с суффиксом -енков) — достаточно поздняя, массово закрепившаяся в документах не ранее конца XVII — XVIII века. Это отличает её, например, от более ранних фамилий на -ов от тех же имён (вроде Ананьев).