Фамилия Ананенко — один из примеров того, как на Украине и в южнорусских землях из краткой формы церковного имени делали фамилию по модели «отец + енко». В основе лежит крестильное имя Ананий, которое в быту сократили до Анан. Получается, что Ананенко — это буквально «сын Анана», то есть потомок человека, которого звали Анан.

Само имя Ананий древнееврейского происхождения, означает «отмеченный милостью Божией». Но в фамилии интереснее не столько перевод, сколько словообразовательная конструкция. Суффикс -енко — типичный для восточной Украины, он указывал на молодого человека, сына или ученика. В XVI–XVII веках так называли детей, а позже закрепилось как фамилия. По сути, Ананенко — это патроним, который спустя пару поколений перестал быть отчеством.

Если смотреть на географию, фамилия гуще всего встречается в Черниговской и Полтавской областях, а также на юге России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские казаки и крестьяне. Встречается и вариант написания через «о» — Аноненко, но это скорее исключение, вызванное местным аканьем.

Споров по происхождению почти нет: все ономасты сходятся на имени Ананий. Иногда пытаются связать фамилию с тюркским словом «ана» — мать, но это натяжка: суффикс -енко не свойственен тюркским языкам, а для славянской ономастики такая версия избыточна. Намного правдоподобнее, что перед нами обычный украинский патроним, каких сотни: Иващенко, Гриценко, Павленко.

Сословно предки Ананенко чаще всего были казаками или крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, хотя отдельные представители могли выслужить личное дворянство на военной или гражданской службе в XIX веке. В ревизских сказках и метрических книгах фамилия встречается с середины XVII века, что для украинских фамилий довольно рано.