Фамилия Ананенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Ананий. Мужское крестильное имя Ананий в переводе с древнееврейского означает «отмеченный милостью Божией». В основу фамилии легла производная форма имени — Анан. Поэтому Ананенко буквально понималось как «сын Анана».