Фамилия Ананеко звучит необычно для русского уха, и это сразу подсказывает её происхождение: перед нами типично украинская или белорусская фамилия, построенная по модели «-енко». Если в русском языке фамилии на «-ов» отвечали на вопрос «чей?», то украинские на «-енко» — «чей сын?». Ананеко — это буквально «сын Анана». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Ананеко́, что тоже характерно для украинских фамилий, хотя в русской среде его могли сместить на «е».

Основа «Анан» — это сокращённая, обиходная форма крестильного имени Ананий. Имя Ананий восходит к древнееврейскому Ханания и переводится как «Бог милостив» или «Яхве смилостивился». В православных святцах оно известно по апостолу Анании, который крестил Савла (будущего апостола Павла). В быту сложные церковные имена часто урезали: Ананий превращался в Анана, Анаха, Анашу. От этих уменьшительных форм и пошли фамилии: русский вариант Ананьев, а также Анащенко, Анахов и, собственно, Ананеко.

Суффикс «-енко» — маркер восточнославянского, в первую очередь украинского происхождения. Фамилия Ананеко могла возникнуть в среде казачества или крестьянства на территории современной Центральной или Восточной Украины, где модель на «-енко» была особенно распространена в XVI–XVII веках. Это был самый массовый способ образовать фамилию, указывающую на прямого потомка по отцу.

Версия о том, что «Анан» — это тюркское имя (например, у татар встречается имя Анан, означающее «сознание»), маловероятна, хотя полностью исключать её нельзя. Однако суффикс «-енко» здесь решает всё: если бы фамилия была татарской, она скорее оканчивалась бы на «-ов» или «-ин». Самая надёжная и прямая версия — от имени Ананий через его краткую форму, что и делает фамилию Ананеко понятной в контексте восточнославянской ономастики.