Мужское крестильное имя Ананий в переводе с древнееврейского означает «отмеченный милостью Божией». В основу фамилии легла производная форма имени — Анан. Скорее всего, основатель рода Ананенковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Анан, со временем получил фамилию Ананенкова.