Фамилия Ананченкова — женская форма, а её мужской вариант Ананченков происходит от имени Ананий. В переводе с древнееврейского это имя означает «отмеченный милостью Божией» и восходит к библейскому Анании, одному из трёх отроков, не сгоревших в печи. Однако фамилия образована не напрямую от имени, а через промежуточную форму — прозвище Ананич. Такое прозвище, скорее всего, указывало на особенности характера человека: кротость, благочестие или, наоборот, ироничное прозвище за чрезмерную набожность.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии на -ов/-ев образуются от полных форм имени (Ананьев), но в основе Ананченкова лежит патроним Ананич с характерным украинским или белорусским суффиксом -ич, который затем русифицировали, добавив -ов. Получилась цепочка: Ананий → Ананич (сын Анания) → Ананченков. Суффикс -енк- в середине фамилии (Ананченков вместо ожидаемого Ананичев) — типичная черта восточнославянской народной этимологии, когда сложное сочетание звуков упрощали и подгоняли под привычные модели.

Исторически род Ананченковых, вероятно, имел западнорусские корни. Переезд в центральную Россию и русификация фамилии произошли, когда носители прозвища или их потомки сменили регион, и местные писцы переделали «Ананич» в более привычную форму с окончанием -ов. Другие версии происхождения — от редкого мирского имени Ананка (от греческого «необходимость») или от названия села Ананченки на Смоленщине — менее правдоподобны, так как не объясняют суффиксальную структуру фамилии. В любом случае, Ананченкова — редкая фамилия, сохранившая в себе следы сразу нескольких языковых процессов: библейского заимствования, народного прозвища и региональной адаптации.