Фамилия Аненко — типичный пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс в украинской ономастике играл роль отчества или указания на родство: буквально он означал «сын» или «потомок». Так что Аненко — это «сын Анны». В основе фамилии лежит женское крестильное имя Анна, древнееврейского происхождения, которое переводится как «милость» или «благодать».

Святая Анна, покровительница этого имени, в христианской традиции — мать Богородицы и бабушка Иисуса Христа (богопраматерь). Согласно преданию, она родила дочь чудесным образом после долгих лет бездетного брака с Иоакимом. Православная церковь называет Иоакима и Анну Богоотцами, так как они были предками Христа по плоти, и ежедневно на отпусте божественной службы просит их молитв об исходящих из храма. Память Успения праведной Анны отмечается 25 июля (7 августа). Интересно, что на Востоке церкви в честь святой Анны появляются уже с VI века, тогда как на Западе её почитание не привлекало особого внимания до XII века.

Сама фамилия Аненко может быть записана и как Анненко — с удвоенной «н». В старых документах встречаются оба варианта, и это не ошибка, а следствие разного прочтения имени: полная форма Анна даёт двойную «н», а разговорная, бытовая — одинарную. Фамилия распространена на Украине и в южных областях России, куда переселялись украинские казаки и крестьяне. По модели образования Аненко стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Иваненко, Петренко, Григоренко — все они строились по одному принципу: имя отца или матери плюс суффикс -енко.

Необычность фамилии в том, что она произведена от женского имени. В патриархальной среде это встречалось реже, чем фамилии от мужских имён. Такое могло случиться, если мать играла главную роль в семье (например, была вдовой) или если ребёнок родился вне брака и его записывали по матери. Впрочем, возможно и другое объяснение: Аненко могло быть производным не от имени Анна, а от прозвища Анёнок — так в некоторых говорах называли ласково или с оттенком пренебрежения человека, похожего на женщину или связанного с ней по роду занятий. Но эта версия менее убедительна и не подкреплена массовыми данными.