Фамилия Анненкова — это классическое русское отчество второго порядка, построенное по цепочке «внук по бабке». Если разобрать её по косточкам, выходит так: в основе лежит женское имя Анна, от которого сначала образовали уменьшительную или патронимическую форму Анненко (буквально «маленькая Анна» или «сын/потомок Анны»), а затем к ней прибавили типичный русский суффикс -ов. В итоге Анненков — это «сын Анненко», то есть внук той самой Анны. Такая модель была распространена в южнорусских и украинских землях, где отчества на -енко сначала закрепились как фамилии, а потом, при переселении в великорусские области, обрастали дополнительным суффиксом.

Само имя Анна пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка, где оно означало «миловидная», «грациозная» или «благодать». В православных святцах это имя матери Богородицы, поэтому оно было одним из самых частых женских имён вплоть до XX века. Именно массовость имени объясняет, почему фамилия Анненков (и её женская форма Анненкова) встречается не как редкая дворянская, а как довольно распространённая.

Бросается в глаза необычный для русской ономастики двойной суффикс: -енк- + -ов-. Стандартная фамилия от имени Анна — это Аннин или Анничев (с суффиксом -ин). Форма Анненков — явный южнорусский след: в украинской среде отчество звучало как Анненко, а при адаптации в русском делопроизводстве XVIII–XIX веков к нему механически добавили -ов, чтобы вписать фамилию в общероссийский стандарт. Поэтому носители фамилии Анненковы — это, скорее всего, потомки выходцев с территории современной Украины или южных губерний России (Курской, Воронежской, Харьковской), переселившихся севернее.

Процесс становления фамилии растянулся на столетия, и точно определить, в каком именно селе и в каком году предок впервые стал писаться Анненковым, можно только по генеалогическим документам — ревизским сказкам, метрическим книгам. Но общая картина ясна: корни фамилии уходят в крестьянскую или казачью среду, где отчества на -енко были обиходной нормой, а дворянский род Анненковых — лишь одна из ветвей этого большого фамильного древа.