Фамилия Аннинков интересна тем, что её основа — не имя, а название места, причём с неочевидной огласовкой. Вопреки первому впечатлению, она не связана напрямую с женским именем Анна. Суффикс -ик- в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к местности: Аннинков — это «выходец из Аннинкова». Таких сел и деревень в России было несколько, преимущественно в центральных губерниях — Тверской, Ярославской, Костромской. Название же самого поселения, скорее всего, произошло от прозвища или фамилии владельца — Анник (Анника) или Аннин, а те, в свою очередь, могли восходить к каноническому имени Иоанн через его народные формы Анна, Анний.

Модель образования здесь нестандартная. Большинство фамилий на -ов/-ев образовывались от личных имён или прозвищ: Иванов, Петров. Аннинков же построен как оттопонимическое прилагательное: сначала возникло название деревни Аннинково (чья? — Аннинкова), а затем фамилия по месту жительства. Суффикс -к- в основе (Аннин-к-ов) типичен для названий населённых пунктов, но в фамилиях встречается реже, что делает её заметной на фоне более массовых.

Встречается фамилия в основном на севере и северо-востоке европейской части России, особенно в бывших Вологодской и Архангельской губерниях. Это не случайно: в северных регионах дольше сохранялась традиция называть людей по месту выхода, а не по имени отца. Носители фамилии Аннинков в XVIII–XIX веках — преимущественно государственные крестьяне и мещане, реже — купцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Стоит отличать Аннинкова от более распространённых Анненковых и Анниковых. Первые — от женского имени Анна, вторые — от мужского Анник (Аника, вариант Иоанна). Аннинков же стоит особняком: он не про родство, а про место. Если предки названы так, значит, они когда-то покинули деревню Аннинково и стали зваться по ней — как это часто бывало с крестьянами, уходившими на заработки или переселявшимися в города.