Фамилия Анниковы — одна из тех, что образовались от канонического церковного имени, но через его уменьшительную форму. В её основе лежит имя Анник — сокращённый вариант полного имени Иоанникий. С греческого языка это имя переводится как «непобедимый», что придавало носителю прозвища или имени определённый оттенок силы и стойкости.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий: так называемые патронимы на -ов/-ев. Фамилия Анников буквально означает «сын Анника» или «потомок Анника». Такая модель была особенно распространена в XVI–XVII веках, когда основная масса русских фамилий закреплялась за крестьянскими и посадскими родами.

Имя Иоанникий в народной среде часто переделывали в более короткие и удобные для произношения варианты: Анник, Анничка, Анникей. Отсюда же возникли и родственные фамилии: Анничкин, Анникеев, Анников. В говорах встречалось и написание с одним «н» — Аников, но форма Анников с двойным «н» более точно передаёт исходное имя.

Точная география фамилии Анниковых сегодня не привязана к одному региону: она встречается и в центральных областях России, и в Поволжье, и в Сибири — везде, куда переселялись крестьяне в ходе колонизации земель. В документах XVIII–XIX веков Анниковы фиксируются чаще всего как государственные крестьяне и однодворцы.

Таким образом, фамилия Анниковы хранит в себе память о редком церковном имени Иоанникий, которое в быту сократили до простого и звучного Анник.