Фамилия Антакшинов — редкая, но с прозрачной внутренней формой. Она образована от тюркского имени или прозвища Антакши (Антакша) с помощью патронимического суффикса -ов. В основе лежит татарское или башкирское слово «антак» — так в некоторых говорах называли человека с кривыми, согнутыми ногами, косолапого или хромого. Суффикс -ш- (-ша) в тюркских именах придаёт ласкательный или уменьшительный оттенок: Антакша — буквально «кривоножка», но не в грубом, а скорее в бытовом, прозвищном смысле. Таким образом, Антакшинов — потомок человека, которого в деревне звали Антакша за походку или особенность ног.

Географически фамилия тяготеет к регионам расселения казанских татар, мишарей и башкир. Встречается она преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — там, где в XVIII–XIX веках оседали служилые татары и тептяри. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века форма могла писаться через «х» — Антахшинов, что отражает диалектное произношение: в некоторых тюркских говорах глухой «к» на стыке звуков переходил в «х».

Суффикс -ов, а не более типичный для татарских фамилий -ин или -ский, указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской традиции — скорее всего, при переписях или призыве в армию. Это говорит о достаточно поздней фиксации фамилии, не ранее середины XVIII века. Несмотря на тюркскую основу, Антакшинов — не княжеская и не мурзинская фамилия; её носители, вероятно, были из податных сословий: государственные или ясачные крестьяне, реже — отставные солдаты.

Встречаются варианты написания с одной «н» — Антакинов, но это, скорее, результат упрощения при записи. Родственных фамилий с тем же корнем немного: известны Антаков, Антаковский, но они образованы от другой основы — от имени Антак без уменьшительного суффикса. Антакшинов же стоит особняком как более редкая и диалектно окрашенная форма.