Фамилия Антун — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с личным именем. В основе лежит каноническое имя Антон, а точнее — его южнославянская или западнославянская форма Антун. В хорватском, сербском, словенском языках имя Антун (Antun) — это местный вариант Антония, такой же, как русский Антон или польский Антоний. Фамилия образована без какого-либо суффикса, так называемым «чистым» способом: имя перешло в фамилию напрямую, без добавления -ов, -ин или -ский. Это типично для фамилий, которые закрепились в южнославянской среде, особенно в Далмации и Хорватии, где форма Антун была распространена веками.

Фамилия Антун, скорее всего, не русская по происхождению. Если она встречается у носителей русского языка, то это, вероятно, результат миграции или смешанных браков. В России фамилии, оканчивающиеся на согласный без суффикса, чаще всего имеют неславянское (немецкое, еврейское) или южнославянское происхождение. Само имя Антоний восходит к римскому родовому имени Antonius, значение которого спорно: его связывают то с греческим «вступающий в бой», то с этрусским корнем. Но для носителя фамилии важнее то, что предок по мужской линии, скорее всего, был хорватом, боснийцем или словенцем по имени Антун, и это имя закрепилось за его потомками как родовое прозвище.

Словообразовательная модель здесь минималистична: основа — имя Антун, окончание — нулевое. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Антýн. В русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода (Антуна, Антуну), а женский вариант будет звучать так же и не склоняться, если носительница — женщина. В хорватском языке, где фамилия более привычна, она тоже склоняется, но по местным правилам.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Антонов, Антонин, Антонович — все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Антун стоит особняком: это не «сын Антона» и не «принадлежащий Антону», а просто сам Антун. Такая фамилия могла принадлежать человеку, которого в деревне знали только по имени, и оно стало его вторым, семейным именем. Географически фамилия Антун наиболее частотна в Хорватии, особенно в регионе Далмации и на островах Адриатики, а также среди хорватской диаспоры. В России она — редкость, и каждый её носитель, вероятно, хранит историю о предке, пришедшем с Балкан.