Фамилия Алтун — редкий случай, когда иноязычная основа не была переделана русскими суффиксами, а закрепилась в исходном виде. В подавляющем большинстве русских фамилий есть формант -ов, -ин, -ский, но здесь мы видим чистую основу. Это сразу указывает на позднее или непрочное вхождение в русскую среду: фамилию могли принести переселенцы, беженцы или купцы, а адаптировать её по модели «Иван — Иванов» уже не стали.

Корень слова — тюркский. В большинстве тюркских языков (татарском, турецком, башкирском, казахском) «алтун» или «алтын» означает «золото». Прозвище Алтун могли дать человеку со светлыми, «золотыми» волосами, либо тому, кто работал с золотом — ювелиру, золотых дел мастеру. В тюркской ономастике такие прозвища не редкость: золото символизировало богатство, удачу и высокий статус. Встречается и личное имя Алтун — как пожелание ребёнку быть дорогим, как золото.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых тюркских диалектах «алтун» могло быть искажением слова «алдын» — «передний», «первый». Тогда прозвище могло означать передового воина, вожака или старшего в роду. Но эта гипотеза слабее: написание «алтун» устойчиво связано именно с золотом во всех основных ономастических источниках.

Географически фамилия Алтун чаще всего встречается у татар, башкир, а также у народов Северного Кавказа, где сильны тюркские языковые влияния. В русских переписных книгах XVI–XVII веков она почти не фиксируется — это говорит о том, что в центральные области России она попала поздно, скорее всего, вместе с торговыми или военными контактами в XVIII–XIX веках.

Интересная деталь: в турецкой фамилии Altın пишется с мягким знаком на конце, а в русской записи твёрдое окончание «-ун» — это калька с татарского произношения, где звук «ы» после «т» переходит в «у». Так что написание Алтун, а не Алтын — не ошибка, а точная передача живого звучания.