Фамилия Антюшеня звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её основа и суффикс выдают белорусское происхождение. Модель образования проста: к корню Антюш- добавляется типичный для белорусской ономастики патронимический суффикс -еня, который указывает на принадлежность к отцу («сын Антюши»). В русском языке аналогом такого суффикса был бы -енко (Антюшенко) или -евич (Антюшевич), но в Беларуси и соседних регионах Польши форму на -еня носили часто.

Корень Антюш- — это народная, уменьшительная форма от крестильного имени Антон (церковное Антоний). Имя пришло из греческого (Ἀντώνιος) и в славянской среде дало множество производных: Антоша, Антюха, Антюш. Так что в основе фамилии лежит ласковое прозвище или домашнее имя предка — Антюша. Соответственно, первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном или потомком человека по имени Антюша.

Географически фамилия тяготеет к западным областям Беларуси, особенно к Гродненской и Брестской, а также к приграничным районам Польши (где встречается вариант Antiuszenia). В России она редка и встречается в основном у потомков переселенцев с запада. По сословию предки Антюшени, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские роды с таким окончанием почти не фиксируются.

Интересная деталь: в белорусском языке суффикс -еня часто придаёт фамилии оттенок «чей?», то есть буквально «Антюшеня» — это «Антюшев сын». В документах XIX века такую фамилию могли записывать двояко: то как Антюшеня, то как Антюшенко — в зависимости от того, в какой губернии жил носитель (в западных чаще сохраняли -еня, в восточных переделывали на -енко). Так что написание через «я» на конце — не ошибка, а точный маркер белорусского ареала.