Фамилия Анухова — женская форма от Анухов, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Анух. В основе, скорее всего, лежит просторечная форма канонического имени Иоанн (Иван), которая в некоторых русских говорах звучала как Ануха. Механизм такой же, как в парах Иван — Ванюха, Петр — Петюха: суффикс -ух- придавал имени фамильярный, обиходный оттенок. Так что первый носитель фамилии, Анух, был, по всей вероятности, Иваном в быту.

Менее распространённая версия связывает основу с диалектным словом «ануха» — так в некоторых областях называли человека нерасторопного, медлительного или, наоборот, вялого от усталости. Однако в словарях это слово фиксируется редко, а вот антропонимическая модель с суффиксом -ух- (Таратуха, Мятуха, Харлуха) типична для северных и среднерусских говоров, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Поэтому географически фамилия Ануховых тяготеет к Русскому Северу.

Суффикс -ов в мужской форме указывает на принадлежность: «сын Ануха». В дворянских или купеческих фамилиях этот суффикс встречается повсеместно, но для Ануховых он — прямое указание на крестьянское или мещанское происхождение, так как имя Ануха было именно народным, а не книжным. В старых переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Ануховы, например, в Тотемском уезде.

В написании фамилии возможны варианты: Анухов/Анухова (с ударением на второй слог) и изредка Онухов — через «о» в начале, что связано с акающим произношением. Но в современном русском языке закрепилась форма с начальной «А». Таким образом, фамилия Анухова — это типичный образец «отчества» из имени-прозвища, которое в XVI–XVII веках было живым, а сегодня осталось только в фамилиях.