Фамилия Анухтин — яркий пример того, как суффикс может рассказать о происхождении больше, чем корень. Она образована по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Анухтин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Анухта. Это так называемая «полуотчество»: фамилия застыла в форме родительного падежа, отвечая на вопрос «чей сын?».

Корень здесь — Анухт-. Самая прямая и правдоподобная версия: это производная форма от канонического крестильного имени Ануфрий (в просторечии — Онуфрий). В народной речи имя не раз перекраивалось: Онуфрий → Онухта → Анухта. Суффикс -т- в таких именах — характерный признак разговорной, «упрощённой» формы (сравните: Евсей — Евсютка, Кирилл — Кирята). Таким образом, Анухта — это ласкательное или обиходное именование Онуфрия. Значение имени древнееврейское: «священный бык» или «посвящённый Богу», но к моменту закрепления фамилии оно уже воспринималось просто как личное имя.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит не имя, а прозвище. В южнорусских говорах слово «анухта» могло звучать как «анухтать» — глагол со значением «кричать», «шуметь». Если человек имел громкий голос или беспокойный нрав, его могли прозвать Анухтой. Однако эта версия слабее: фамилии на -ин с прозвищной основой обычно образуются от существительных (Козёл — Козлов, Ворона — Воробьёв), а не от глагольных форм.

Регионально фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где суффикс -ин встречается чаще, чем на юге. Встречаются варианты написания Анухтин и Онухтин — это следы диалектного аканья или, наоборот, книжного произношения. В дореволюционных метрических книгах можно найти обе формы, но закрепилась та, что с буквой «А».

Что касается социального контекста: носители фамилии почти наверняка были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ин в этой среде закреплялись в XV–XVII веках, когда отчество на -ин (Анухтин сын) перестало быть временным указанием и стало наследственным. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это не значит, что их не было вовсе, но в родословных книгах они не значатся.