Фамилия Анухина образована от мужского варианта — Анухин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Ануха. О его происхождении есть две основные версии, и обе ведут в разные исторические эпохи.

Первая версия выводит Ануху из старолитовского слова anukas, что значит «внук». Если это так, то прозвище могли дать единственному внуку в семье или, наоборот, тому, кто воспитывался дедом. Такое объяснение связывает фамилию с балтийскими языками и указывает на возможные контакты предков с литовскими землями.

Вторая версия связывает Ануху с каноническим мужским именем Онуфрий. Имя это очень древнее, пришло из Египта и в переводе означает «священный бык». В православной традиции оно закрепилось благодаря Онуфрию Великому — раннехристианскому святому, египетскому пустыннику IV века. Его память отмечают 12 июня по юлианскому календарю. В бытовой речи сложное имя Онуфрий сократили до простого и удобного Ануха, которое и стало прозвищем, а затем фамилией.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Анухин, то есть сын или потомок Анухи). Таким образом, Анухины — это прямые потомки человека по прозвищу Ануха. Какая из двух версий ближе к истине для конкретной ветви рода, без генеалогических изысканий сказать трудно, но обе они дают фамилии глубину и связь с разными культурными пластами.