Фамилия Апалишина — женская форма, мужской вариант — Апалишин. Это типичная русская фамилия, образованная по модели «-ин», то есть от основы, оканчивающейся на согласный. В центре внимания — не географическая привязка или дворянское происхождение, а само слово, которое легло в основу, и его возможные корни. Здесь есть над чем поработать, потому что фамилия редкая и её этимология не лежит на поверхности.

Скорее всего, основа — прозвище или мирское имя Апалиша. В нём легко угадывается глагол «опалить» (обжечь, опалить огнём). В старину так могли прозвать человека с тёмным, как бы опалённым лицом, либо того, кто однажды пострадал от огня, получил ожог. В русских говорах слово «опал» или «опалина» означало след от ожога, выжженное место. Прозвище Апалиша могло быть ироничным или предостерегающим: так называли либо неосторожного, либо того, кто работал с огнём (кузнец, смолокур, печник). Чередование гласных «о/а» в начале слова — норма для народной речи: «опаленный» произносили и как «апаленный».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «апалыш» (или «опалышек»), которое в некоторых регионах означало перезревший, подгнивший плод или недопечённый хлеб. В этом случае прозвище могло пристать к человеку вялому, медлительному или болезненному. Однако эта гипотеза слабее: документальных фиксаций такого прозвища в ономастических источниках практически нет.

Примечательно, что суффикс «-иш(а)» в основе необычен. В русских фамилиях чаще встречаются формы на «-иха» (Апалиха) или «-ич» (Апалич). Форма на «-иша» — более редкая, она могла возникнуть в северных или южнорусских говорах под влиянием местных словообразовательных моделей. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи упоминаются как вариант прозвищного образования, но без массового распространения.

Фамилия Апалишина не принадлежала к дворянским родам, не попала в «Бархатную книгу» или списки служилого сословия. Её носители — скорее всего, крестьяне или посадские люди из центральной России или Поволжья. Точную географию фамилии установить сложно из-за её редкости, но единичные случаи встречаются в архивных записях XIX века по Тамбовской и Рязанской губерниям. В современной России фамилия сохраняется, но остаётся малочисленной.