Фамилия Апёнышев (встречается также вариант Опёнышев) произошла от прозвища Апёныш. В основе лежит диалектное или просторечное название гриба — опёнок. Само слово «опёнок» буквально означает «растущий около пня» или «на пне», что указывает на характерное место произрастания этих грибов.

Прозвище Апёныш, скорее всего, закрепилось за человеком, который жил в местности, богатой опятами, или был известен как их страстный собиратель и любитель. По другой, менее вероятной версии, прозвище могло носить переносный, ироничный смысл — так могли прозвать невысокого или коренастого человека, сравнив его с невысоким грибом на толстой ножке.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть «сын Апёныша». Начальное «А» вместо «О» в корне — характерная черта акающих говоров (южнорусских и среднерусских), где безударное «о» произносится как «а». Именно этот фонетический вариант и закрепился в написании фамилии.

Фамилия относится к редким, её носители в основном встречаются в центральных регионах России и Поволжье. Поиск в исторических документах затруднён из-за того, что в дореволюционных записях фамилию могли фиксировать через «о» — Опёнышев.