Фамилия Апенов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Разобраться помогает суффикс: -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель, то есть «сын Апена». Всё упирается в то, что скрывается за основой — какое имя или прозвище носил этот Апен.

В исконно русском именослове имени Апен нет. Поэтому логичнее всего искать корень в крестильном имени Аппий (лат. Appius) — древнеримском родовом имени, попавшем в святцы благодаря святому Аппию, одному из семидесяти апостолов. В народном произношении Аппий мог сократиться до Ап, а уменьшительная форма Апенко или Апенок дала фамилию. В этом случае Апенов — русифицированный вариант фамилии, которая первоначально бытовала в украинских или белорусских землях, где суффикс -енко позже переделали в русское -ов. Эта версия выглядит наиболее правдоподобной.

Существует и вторая гипотеза, связанная с тюркскими языками. В казахском и башкирском «ап» означает «охота», а «апен» — производное с уменьшительным оттенком. Тогда Апенов могло возникнуть как прозвище охотника или человека, связанного с промыслом. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается среди татар и башкир, хотя в целом она редка и не имеет чёткой региональной привязки.

Менее вероятно, но стоит упомянуть диалектное слово «апень» — название овода или слепня в некоторых говорах. Прозвище могли дать назойливому или беспокойному человеку. Однако версия слабая: слово узколокальное и почти не фиксируется в письменных источниках.

Таким образом, скорее всего, Апенов — фамилия, образованная от сокращённой формы крестильного имени Аппий, прошедшая через уменьшительную форму в южнорусских или украинских землях. Носители фамилии могли быть выходцами из крестьянской или мещанской среды, но точных данных о сословной принадлежности нет.