Фамилия Апенов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если сразу посмотреть на суффикс, всё прозрачно: -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель, то есть «сын Апена». Вопрос упирается в основу — что за имя или прозвище было у этого Апена.

В исконно русской традиции имени Апен нет. Скорее всего, основа восходит к крестильному имени Аппий (лат. Appius) — древнеримскому родовому имени, которое попало в святцы благодаря святому Аппию, одному из семидесяти апостолов. В народном произношении Аппий мог сократиться до Ап, а уменьшительная форма Апенко, Апенок дала фамилию. В этом случае Апенов — русифицированный вариант фамилии украинского или белорусского происхождения, где суффикс -енко переделали в русское -ов.

Есть и вторая версия, связанная с географией. В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, слово «ап» означает «охота», а «апен» — производное с уменьшительным оттенком. В таком случае Апенов могло возникнуть как прозвище охотника или человека, связанного с промыслом. Эта гипотеза подкрепляется тем, что фамилия встречается среди татар и башкир, хотя в целом она редка и не имеет чёткой региональной привязки.

Менее вероятно, но стоит упомянуть: в некоторых говорах «апень» — диалектное название овода или слепня. Прозвище могли дать назойливому или беспокойному человеку. Однако эта версия слабая — слово узколокальное и почти не фиксируется в письменных источниках.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что Апенов — это фамилия, образованная от сокращённой формы крестильного имени Аппий, которая прошла через уменьшительную форму в южнорусских или украинских землях. Носители фамилии могли быть выходцами из крестьянской или мещанской среды, но точных данных о сословной принадлежности нет.