Фамилия Апенин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. В основе лежит название реки Апеница или Апенина, притока более крупной водной артерии. Такие реки встречаются в бассейне Оки, в Рязанской и Тамбовской областях. Человек, живший на её берегах, получал прозвание Апеня — «живущий на Апенице». Фамилия образована по простой модели: прозвище на -я плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «сын Апени» или «человек из рода Апени».

Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Здесь же основа твёрдая, и это необычно: по правилам от слова «Апеня» следовало бы ждать форму «Апенин» или «Апеневин», но в народном произношении закрепился вариант с твёрдым -н. Такое смешение встречается в диалектах, особенно в южнорусских говорах, где путают падежные окончания. Это дополнительно указывает на конкретный регион бытования — скорее всего, юг Рязанщины или север Тамбовщины.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «апень» — так в некоторых говорах называли пень, обрубок дерева. Прозвище Апеня могли дать коренастому, приземистому человеку. Однако эта гипотеза слабее: слово «апень» редкое, а реки с названием Апеница фиксируются в гидронимии (например, в бассейне Цны). Поэтому гидронимическое происхождение выглядит предпочтительнее.

Фамилия не относится к числу дворянских или купеческих. Её носители — скорее всего, крестьяне или однодворцы из центральной России. В документах XVIII–XIX веков Апенины встречаются в переписях Рязанской губернии, но массового распространения не получили. Сегодня фамилия остаётся редкой, сосредоточена в тех же областях, откуда пошла — Рязанской, Тамбовской, Липецкой.