Фамилия Апенкина женская, мужской вариант — Апенкин. В её основе лежит прозвище Апенка, а оно напрямую связано с белорусским словом «апенка» — так называют опёнок, гриб, растущий на пнях и мёртвой древесине. Луговые опята внешне на них похожи, хотя растут в другом месте, но суть прозвища от этого не меняется: скорее всего, первый носитель фамилии был известным грибником, и односельчане закрепили за ним это меткое именование.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Апенки». Такая форма чаще встречалась в северных и центральных регионах России, в отличие от южных, где предпочитали суффиксы -ов/-ев. Несмотря на белорусский корень, фамилия прочно осела именно в русской среде, что подтверждают архивные записи.

В Книге памяти Смоленской области значатся сразу несколько Апенкиных из деревни Комисарово Краснинского района: Аристарх Прокофьевич (1912 года рождения) и Даниил Гордеевич (1897 года рождения). Ещё один носитель фамилии, Гавриил Никитич (1882 года рождения), уроженец деревни Крапивино Черниговской губернии, попал в Книгу памяти Кемеровской области — видимо, его семья переселилась в Сибирь в ходе аграрных реформ или позднее, в советское время. Черниговщина — территория современной Украины, где белорусское влияние исторически было сильным, так что география фамилии не противоречит её языковому происхождению.

Таким образом, фамилия Апенкина — не случайный набор звуков, а метка, указывающая на конкретное прозвище, ремесло или особенность предка, и сохранившаяся в документах XIX–XX веков по обе стороны от Москвы.