Фамилия Апенко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и белорусской традиции указывает на «сына» или «потомка» человека, названного в основе. Основа здесь — прозвище Апенька, которое напрямую восходит к белорусскому слову «апенька». Это слово означает «опёнок» — гриб, растущий на пнях и отмершей древесине. Внешне схож с ним и луговой опёнок, хотя тот обитает в других условиях, но название закрепилось за всеми похожими грибами.

Прозвище Апенька, скорее всего, получил человек, который слыл хорошим грибником или торговал грибами. Такие прозвища по ремеслу или характерному занятию были естественны в среде, где сбор грибов был частью повседневного быта. Со временем прозвище закрепилось как основное именование, а затем, по схеме «чей сын?» — «Апенко», передалось потомкам и стало фамилией.

Географически фамилия Апенко чаще всего встречается в Беларуси и на востоке Украины — в регионах, где белорусское «апенька» было обиходным словом. В России она редка и, как правило, указывает на корни переселенцев из этих земель. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые типичны для великорусской традиции, форма на -енко подчёркивает юго-западное происхождение рода.

Интересно, что в украинском языке есть и фамилия Опенько — с тем же корнем, но с начальным «о», что отражает фонетические различия между диалектами. Апенко — это именно белорусский вариант произношения. Таким образом, по фамилии можно с высокой вероятностью определить, что предки носителя жили на территории современной Беларуси или в смежных районах Украины, где белорусское влияние было сильным.