Фамилия Апенина — женская форма, а её мужской вариант — Апенин. Слово это звучит необычно для русского уха, и первое, что приходит в голову, — связь с греческим Апеннинами или латинским словом. Но в русской ономастике всё прозаичнее: корень здесь «апен-» и суффикс -ин, один из самых распространённых в фамилиях, образованных от прозвищ или имён на -а/-я.

Основа «Апеня» или «Апен» могла быть прозвищем. В северных и центральных говорах русского языка слово «апень» или «опень» означало «пень», «обрубок дерева», иногда «упрямый, неповоротливый человек». Сравните с диалектным «опенок» (гриб, растущий на пне) — здесь та же образная логика. Вполне вероятно, что предок получил прозвище Апеня за внешнюю схожесть с пнём: за крепкое телосложение, низкорослость или медлительность. Такие прозвища по природным объектам были типичны для крестьянской среды.

Менее распространённая, но возможная версия — от канонического имени Апполинарий (в просторечии Аполлон, Поля) через усечённую форму Апеня. В русских говорах имена часто сокращали до неузнаваемости: Апполон мог превратиться в Апеню. Однако эта гипотеза слабее, так как следов именно такого сокращения в исторических записях почти нет.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Апенин, то есть сын или потомок Апени. Фамилия преимущественно встречается в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где диалектная лексика с корнем «опень» фиксируется словарями. В этих местах фамилия могла возникнуть независимо в нескольких сёлах, и носители Апенины — потомки разных крестьянских родов, не связанных кровным родством.

Таким образом, фамилия Апенина скорее всего восходит к прозвищу по внешности или характеру, а её корни лежат в народной речи Русского Севера.