Фамилия Апенина — женская форма, её мужской вариант — Апенин. На слух она кажется необычной, и первая мысль — о греческих Апеннинах или латинском корне. Но в русской ономастике всё прозаичнее: это типичная патронимическая фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Апенин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Апеня.

Основа «Апеня» — диалектное слово. В северных и центральных говорах «апень» или «опень» означало «пень», «обрубок дерева», а в переносном смысле — «упрямый, неповоротливый человек». Сравните с диалектным «опенок» (гриб, растущий на пне) — здесь та же образная логика. Скорее всего, предок получил прозвище Апеня за внешнюю схожесть с пнём: за крепкое телосложение, низкорослость или медлительность. Такие прозвища по природным объектам были типичны для крестьянской среды, особенно на Русском Севере.

Менее распространённая версия — от канонического имени Апполинарий (в просторечии Аполлон, Поля) через усечённую форму Апеня. В русских говорах имена сокращали до неузнаваемости, но следов именно такого сокращения в исторических записях почти нет, поэтому эта гипотеза слабее.

География фамилии подтверждает диалектную версию. Апенины преимущественно встречаются в Вологодской и Архангельской областях — там, где словари фиксируют корень «опень». В этих местах фамилия могла возникнуть независимо в нескольких сёлах, поэтому современные носители — потомки разных крестьянских родов, не связанных прямым кровным родством.