Фамилия Апенькин — из тех, что сразу рисуют картинку: лес, пни, грибы. Её основа — диалектное слово «апенька», то есть маленький опёнок. В северных и северо-восточных говорах России «аканье» — языковая норма, поэтому «опёнок» превращался в «апёнок», а ласкательная форма закрепилась как «апенька». Человек с таким прозвищем мог быть невысоким и коренастым, напоминающим крепкий грибок, либо жить в лесистой местности, где сбор опят был подспорьем в хозяйстве.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Апенькин — сын или потомок Апеньки. Это типичная русская модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Иногда фамилию путают с Опёнкиным, но Апенькин сохранила именно северное, «акающее» произношение. Встречается она преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — там, где «опёнок» испокон веку говорили как «апёнок».

Любопытная деталь: в переписях XVII века попадается форма «Апенкин» — с одной «ь», что говорит о колебаниях в написании, но корень остаётся грибным. Другие версии, например, связь с литовским «apynys» (хмель) или финским «appi» (тесть), выглядят натянутыми: ареал фамилии чисто русский, а слово «апенька» хорошо задокументировано в диалектных словарях.

Предки носителей фамилии Апенькин — скорее всего, крестьяне из северных губерний, которых прозвали за внешность или род занятий, связанный с лесом и грибами. Фамилия недворянская, народная, и в этом её ценность: она прямо указывает на бытовую среду, в которой жили люди несколько веков назад.