Фамилия Апкарян — армянская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в контексте армянской ономастики, а не славянской модели. Она образована по типичному для армянских фамилий суффиксу -ян, который восходит к древнему -янц и означает принадлежность к роду или происхождение от предка. То есть Апкарян — «из рода Апкара», потомок человека по имени или прозвищу Апкар.

Основа фамилии — мужское личное имя Апкар. В армянском языке это имя имеет древние корни и связано с ассирийским или сирийским влиянием. Существует две основные версии его происхождения. Первая: Апкар — это вариант имени Абгар (Апкар в западноармянском произношении). Абгар — имя нескольких царей Осроены (древнего государства в Месопотамии), и в армянской традиции особенно известен царь Абгар V Уккама, который, по преданию, переписывался с Иисусом Христом. Вторая версия: имя восходит к ассирийскому слову со значением «благословенный» или «счастливый». В любом случае, имя Апкар — древнее, дохристианское или раннехристианское, и его носители могли быть связаны с областями исторической Армении, где было сильно ассирийское или сирийское культурное влияние.

Географически фамилия Апкарян распространена среди армян, происходящих из Западной Армении (территория современной восточной Турции), особенно из региона Васпуракан и окрестностей озера Ван. После геноцида армян 1915 года носители фамилии рассеялись по диаспоре — в России, Франции, США, Ливане, Сирии. В России фамилия встречается среди армянских общин Краснодарского края, Ставрополья, Ростовской области и Москвы.

Словообразовательная модель проста: корень Апкар- + суффикс -ян. Ударение в русском языке обычно падает на последний слог: АпкарЯн, хотя в самой армянской среде возможно ударение на первый слог. Вариантов написания немного: иногда встречается форма Апгарян (с озвончением «к» перед «а» в диалектах), но она редка. Родственные фамилии — Апкарянц (старая форма с окончанием -янц) и Абгарян (с тем же корнем, но через вариант Абгар).

Социальный статус предков Апкарян определить сложно: имя Апкар не было исключительно княжеским или крестьянским, оно встречалось в разных слоях. Носители фамилии могли быть ремесленниками, торговцами или священниками — точных данных нет. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия старая, её корни уходят вглубь армянской истории, и она не является результатом позднего искусственного образования.