Фамилия Аплина — женская форма, а её мужской вариант — Аплин. В основе почти наверняка лежит нецерковное имя или прозвище Апля. Это слово могло иметь два источника. Первый — диалектный глагол «апать» (или «апнуть»), то есть громко кричать, звать, окликать. В таком случае Аплей называли голосистого человека, зазывалу или того, кто работал с громкими командами — например, бурлака или пастуха. Второй возможный корень — тюркское «апа» (старшая сестра, тётя, уважительное обращение к женщине), но для русской фамилии эта версия менее вероятна: прозвище от тюркского слова скорее закрепилось бы в южных или восточных областях, а фамилия Аплин встречается шире.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Аплин, то есть сын или потомок Апли. Такая модель образования типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов. В говорах встречается и фамилия Аплинский — она могла возникнуть позже, от названия местности, но Аплина явно старше и проще по происхождению.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, родословная ведёт из одной-двух губерний. В метрических книгах XIX века Аплины записаны преимущественно среди крестьян и мещан — никаких дворянских ветвей не прослеживается. Это типичная «прозвищная» фамилия, которая не переосмысливалась через церковные календари и сохранила прямую связь с живым народным словом.